Piattaforme Tecnologiche 
Piattaforma Genomica
Piattaforma Genomica
Piattaforma Genomica
Valentina Gualdi - Responsabile Piattaforma Genomica
Ilaria Losini - Responsabile Qualità e Responsabile Laboratorio Servizi
Chiara Ferrandi - Responsabile Analisi Genotipizzazione
Miriam Polenghi - Tecnico Laboratorio Specializzato
Valeria Rizzi - Tecnico Laboratorio Specializzato
Gianluca Bruschi - Tecnico Laboratorio Specializzato
Debora Agisti - Tecnico Laboratorio Specializzato
Giulia Masetti - Ricercatrice/Specializzanda
Chiara Grossi - Formanda progetto Episud
PRESENTAZIONE PIATTAFORMA GENOMICA del PTP (PGP)
La Piattaforma Genomica del PTP (PGP), sviluppata in collaborazione con i principali leader Europei dell’automazione e della genomica, consente di svolgere analisi molecolari ad alta processività nel settore della genomica applicata al settore agroalimentare. La PGP é stata identificata dal MIUR come Piattaforma Tecnologica di riferimento a livello nazionale per l'automazione delle analisi genomiche di genotipizzazione (ex. fingerprinting) di campioni animali e vegetali. Grazie all’alto grado di automazione delle sue apparecchiature e ad un sofisticato sistema di tracciabilità dei campioni analizzati e dei risultati ottenuti, che le consente di processare fino a 800 campioni al giorno svolgendo su di essi 5.000 analisi/giorno, la PGP si propone come un nuovo e potente centro di analisi genomiche e molecolari per:
- garantire la tracciabilità e la sicurezza della filiera e del prodotto nel settore agro-alimentare
- analizzare e preservare la biodiversità esistente di specie animali e vegetali
- certificare l'origine e la purezza di prodotti tipici
Le analisi molecolari/genomiche automatizzate che la Piattaforma Genomica svolge sono:
- Purificazione automatizzata di acidi nucleici da matrici animali, vegetali e microbiche
- Genotipizzazione mediante marcatori molecolari di campioni animali, vegetali e microbici
- Analisi di espressione genica quantitativa
- Analisi di tracciabilità di contaminanti (ex. patogeni) nella catena alimentare
- Messa a punto di kit diagnostici molecolari nel settore agro-alimentare
- Organizzazione e gestione di Bio-repository di acidi nucleici (DNA/RNA) di campioni animali e vegetali
Il 5 luglio 2007 il PGP ha ottenuto da Bureau Veritas la certificazione ISO 9001 per la Progettazione, Realizzazione e Assistenza di analisi genomiche di genotipizzazione di campioni animali e vegetali.
PGP SETUP
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| TECAN FREEDOM EVO-150G Preparazione high-throughput di campioni per analisi molecolari | AB 3730 Analisi high-throughput di genotipizzazione attraverso l’uso di marcatori molecolari (SNPs, SSRs, TILLING) | AB 7900 Analisi quantitativa di espressione genica (Real-Time PCR) e di genotipizzazione (discriminazione allelica) |
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| ABI 9700 Amplificazione degli acidi nucleici | EPPENDORF MASTERCYCLERS Amplificazione degli acidi nucleici | TECAN FREEDOM EVO-150E Estrazione e quantificazione automatizzata di DNA/RNA |
PGP-LIMS
La Piattaforma Genomica del PTP (PGP) é dotata di un sistema LIMS (Laboratory Information Management System) configurato e implementato in collaborazione con Applied Biosystems (ABI). Il sistema SQL*LIMSv5 è stato scelto per il suo alto livello di flessibilità e la sua interfaccia WEB. Il PGP-LIMS è dotato di un database Oracle che garantisce la completa ed accurata tracciabilità dei campioni analizzati dal momento della loro entrata nella Piattaforma, dei reagenti utilizzati e dei risultati delle analisi molecolari effettuate. Il cliente WEB del LIMS dà la possibilità agli operatori della Piattaforma Genomica di gestire e monitorare con facilità i dati contenuti e la loro qualità nel database del LIMS e di inviarli direttamente all' utente via WEB.
Le principali caratteristiche del PGP-LIMS sono:
Le principali caratteristiche del PGP-LIMS sono:
- Garanzia della tracciabilità sia dei campioni che delle piastre tramite un sistema di codici a barra.
- Trasferimento in silico delle piastre con estrema flessibilità tramite operazioni drag-and-drop.
- Importazione automatizzata dei dati generati dalle strumentazioni di analisi (AB 3730, AB 7900, Tecan Freedom Evo 150).
- Sicurezza multi-livello e auditing completo
- Interfaccia grafica web-based con un potente motore di reporting dei dati
